Con la finalidad de aislar y caracterizar molecularmente bacterias endofíticas de la planta acuática Elodea potamogeton (llachu) que crece en aguas eutrofizadas de la Bahía Interior del Lago Titicaca mediante el análisis del gen 16S rDNA, se tomaron muestras de la planta y del agua circundante para un análisis químico (pH, fosfatos, nitritos y nitratos). La desinfección de la planta se realizó primero por lavados con agua y luego sometidos a la acción del alcohol 70% e hipoclorito de sodio 0,5%. Luego se procedió a aislar y obtener cultivos puros de las bacterias endofíticas mediante trituración, centrifugación y cultivo en medio Luria-Bertani (LB). Se eligieron tres cepas para su resembrado por tres veces en agar realizándose un análisis morfológico de las colonias a simple vista. Posteriormente, se extrajo DNA mediante la mezcla fenol-cloroformo-alcohol isoamílico (25;24:1) de cada una de las colonias, se purificó y se cuantificó por espectrofotometría ultravioleta. La calidad del DNA se evaluó por electroforesis en agarosa 1%. Luego, se amplificó el fragmento 16S rDNA mediante Reacción en Cadena de la Polimerasa (PCR) utilizando primers universales. Los productos amplificados fueron purificados y luego analizados su calidad por electroforesis en agarosa 1%, remitiéndose los amplicones a Estados Unidos para su secuenciamiento por el método de Sanger. Para el establecimiento de las relaciones evolutivas se utilizaron softwares bioinformáticos. Primero, se editaron las secuencias con BioEdit versión 7.0.0 ©, luego se buscaron secuencias similares en el GenBank con el BLASTn y con ellos se hizo el alineamiento múltiple de secuencias Clustal W, la matriz de distancias genéticas y la construcción de árboles filogenéticos utilizando MEGA7©. Los resultados indican que según el análisis químico del agua analizada, corresponden a aguas eutrofizadas con pH alcalino (9,42), alta concentración de fosfatos totales (1,05 mg/dL), nitratos (0,14 mg/dL) y nitritos (0,08 mg/dL). Se lograron aislar fragmentos de 1057, 1112 y 1115 nucleótidos que corresponden a las cepas 10, 11 y 12, respectivamente. Según el análisis morfológico y molecular se ha permitido caracterizar a la cepa 10 como Pantoea sp. con una identidad superior al 76%, a la cepa 11 como Pseudomonas sp. con un 100% de identidad y a la cepa12 como Raoultella terrígena sp. o Klebsiella sp. con una identidad de 99%. Por el alto porcentaje de identidad que mostraron las cepas 11 y 12, sus secuencias han sido registradas en el GenBank cuyas accesiones son: SUB4288247 y SUB4252655, respectivamente.