Optimización del algoritmo Blast en el alineamiento de secuencias de ADN basado en procesamiento masivamente paralelo y distribuido

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dc.contributor.advisor Gutierrez Caceres, Juan Carlos
dc.contributor.author Cruz Gamero, Franklin Luis Antonio
dc.date.accessioned 2021-03-15T00:24:35Z
dc.date.available 2021-03-15T00:24:35Z
dc.date.issued 2019
dc.identifier.uri http://hdl.handle.net/20.500.12773/12015
dc.description.abstract En Bioinformática intentan definir modelos matemáticas de sistemas biológicos usando grandes cantidades de Unidades de Procesamiento Centra- les (CPUs), generando aplicaciones poco prácticas. Esto esta´ siendo optimizado por paralelismo usando unidad de Procesamiento Gráficos (GPU) y sistemas distribuidos. En este trabajo se presenta dos algoritmos de optimización del al- goritmo Basic Local Alignment Search Tool (BLAST), basado en tablas Hash, para el alineamiento de una secuencia (unisecuencial) y para el alineamiento de múltiples secuencias (multisecuencial) de consulta de Ácido Desoxirribonuclei- co (ADN), usando técnicas masivamente paralelas y distribuidas, mediante el modelo de programación con Compute Unified Device Architecture (CUDA) y uso de la GPU. Comparando su rendimiento en implementaciones secuenciales usando CPUs e implementaciones con la GPU. Evaluando su rendimiento en tiempo de procesamiento usando secuencias de ADN de referencia obtenidas de las bases de datos públicas National Center for Biotechnology Informa- tion (NCBI) y EMSEMBL como el genoma humano, mostrando los mejores rendimientos los algoritmos Cuda Naive (CN) para BLAST unisecuencial con un speedup de latencia de 1.24X sobre el algoritmo Knut Morris Pratt (KMP) y Cuda Base 5 (CB5) para BLAST multisecuencial con un speedup de 1.23X sobre el algoritmo Base 5 (B5), ambos con arquitectura GPU (con paralelis- mo) mejorando en el tiempo de procesamiento la heurística del BLAST. es_PE
dc.description.uri Tesis es_PE
dc.format application/pdf es_PE
dc.language.iso spa es_PE
dc.publisher Universidad Nacional de San Agustín de Arequipa es_PE
dc.rights info:eu-repo/semantics/openAccess es_PE
dc.rights.uri http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/ es_PE
dc.source Universidad Nacional de San Agustín de Arequipa es_PE
dc.source Repositorio Institucional - UNSA es_PE
dc.subject ADN es_PE
dc.subject optimización es_PE
dc.subject paralelismo es_PE
dc.subject alineamiento es_PE
dc.subject GPU es_PE
dc.subject BLAST es_PE
dc.title Optimización del algoritmo Blast en el alineamiento de secuencias de ADN basado en procesamiento masivamente paralelo y distribuido es_PE
dc.type info:eu-repo/semantics/bachelorThesis es_PE
thesis.degree.name Licenciado en Ciencia de la Computación es_PE
thesis.degree.grantor Universidad Nacional de San Agustín de Arequipa.Facultad de Ingeniería de Producción y Servicios es_PE
thesis.degree.level Título Profesional es_PE
thesis.degree.discipline Ciencia de la Computación es_PE
dc.subject.ocde https://purl.org/pe-repo/ocde/ford#1.02.01 es_PE
renati.advisor.dni 30677357
renati.advisor.orcid https://orcid.org/0000-0001-6379-8695 es_PE
renati.author.dni 42932629
renati.discipline 611016 es_PE
renati.juror Lopez del Alamo, Cristian Jose
renati.juror Gutierrez Caceres, Juan Carlos
renati.juror Mamani Aliaga, Alvaro Henry
renati.level http://purl.org/pe-repo/renati/level#tituloProfesional es_PE
renati.type http://purl.org/pe-repo/renati/type#tesis es_PE
dc.publisher.country PE es_PE


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info:eu-repo/semantics/openAccess Except where otherwise noted, this item's license is described as info:eu-repo/semantics/openAccess

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